Flensburg befindet sich im äußersten Norden des Bundeslandes Schleswig-Holstein direkt an der deutsch-dänischen Grenze. Nach Westerland auf Sylt und der Nachbarstadt Glücksburg ist sie die drittnördlichste Stadt in Deutschland. Flensburg liegt im inneren Winkel der Flensburger Förde, einer Ausbuchtung der Ostsee, teils in einem Tal, teils auf umliegenden Höhen wie dem Friesischen Berg und dem Marienberg. Das Ostufer Flensburgs wird bereits zu der Halbinsel Angeln gerechnet.